Вот пример командной строки в духе unix-way. Необходимо убивать зависающие процессы mygreatapp, которые крутятся более 10 минут. 

Разработано для FreeBSD, а для Linux не думаю, что будет сильно отличаться.

Поставить в cron на каждые 10 минут  

 ps -o pid,command,time -ax | grep mygreatapp | gawk '{split($4,s,":");if(s[1]>10){print $1}}' | xargs kill -9