Вот ведь неосвещенная тема попалась, ведение TODO проекта. Как его ведут? Кто его ведет? Зачем и когда?

На основе своего опыта приведу лишь свой подход. Даже нет, приведу два подхода, которые имеют право на существование. Первый, который сейчас мной успешно используется это есть традиционное ведение текстового файлика TODO в корне проекта, в котором я фиксирую все изменения в проекте, требуемые фичи, и частично вопросы к согласованию.

А делается это путем достижения соглашения с самим собой о пометках, которые я буду использовать для маркировки элементов в TODO.

Вот моя маркировка:

LEGEND:
+ сделано
? требует согласования
* все согласовано, остается сделать
-----------------ADMIN----------------------------------
+ при входе администратора - сводка (новых участков, участников)
+ указать на карте координаты
* загрузка картинок
? нанесение лого на загружаемое изображение (размеры лого, позиция) 

Таким образом отфильтровав файл по ^* .* мы получим все задачи, которые необходимо только сделать и так далее. После выполнения строчки с * я меняю * на +, копирую строку в файл DONE, который потом подставляется в svn commit -F DONE. Но тут уж необходима дисциплина, что бы не забывать удалять из сделанных строки при добавлении новых коммитов.

Есть свои и минусы у данного подхода, но лично мне пока хватает и этого, как альтернатива  установке мегасистемы управления требованиями.  

Второй способ, ну скорее не способ, а дополнение, мы ставим в комментариях пометки TODO: сделать то-то.

А затем в любимом редакторе (vim) вызываем grep по файлам проекта на предмет строчек с TODO. К слову, в vim есть для этого специальное удобное окно Quickfix. Используя плагин Project я могу <leader>G комбинацией полнить grep по открытой папке проекта.